Фундаментальное отличие Freeciv от Civilization II заключается в том, что Freeciv изначально разрабатывался как многопользовательская сетевая игра. Вследствие этого были изменены свойства "ООН" (United Nations Wonder) и "Великая Стена" (Great Wall Wonder), а "Эйфилева Башня" (Eiffel Tower Wonder) была полностью исключена.
Многие функции Freeciv отличаются от Civilization II так как Freeciv изначально разрабатывался чтобы соответствовать Civilization и как следствие - некоторые функции Civilization II (пока) не реализованы.
Для упрощения реализации, число особенностей территорий было сокращено. В то время как Civilization II имеет 21 возможную особенность для 11 типов территорий - Freeciv имеет сейча 12 типов терирорий каждый из которых может иметь одну дополнительную особенность. Каждая единица может иметь или не иметь такую особенность. Некоторые особенности были переименованы а некоторые были изменены для улучшения сбалансированности. Существенным отличием является то, что реки более не являются особенностями территории, а представляют собой отдельные типы местности.
Виды правления "Фунтаментализм" (Fundamentalism) и "Фанатизм" (Fanatics) не реализованы. Были произведены некоторые изменения в других видах правления: "Деспотизм" (Despotism) не имеет теперь ограничения по количеству военных юнитов в городе, а при "Коммунизме" (Communist) теперь существует небольшой но постоянный уровень преступности. Была изменена поддержка городами "Поселенцев" (Settlers) и "Инженеров" (Engineers). Коррупция (Corruption) во Freeciv уменьшает только очки торговли (trade) но не производства (production).
Реализоваты различные пути получения атомной энергии (nuclear energy). Атомные электростанции теперь не могут взорваться в случае грожданских беспорядков, что делает ненужным солнечные электростанции (Solar Plant). По этой причине солнечные электростанции (Solar Plant) и Охрана окружающей среды (Environmentalism) были исключены.
После уменьшения размера города по причине голода при наличии амбара (Granary) амбар (Granary) оказывается заполненным на половину. Истребители не защищают города от атаки воздушных юнитов. Атомная ракета (Nuclear) требует только знания Ракетостроения (Rocketry). Партизаны создаются только для изначального владельца города. Шанс Триремы (Trireme) быть потерянной в море всегда равен 50%. Дипломаты (Diplomats) и Шпионы (Spies) (еще) не получают преимущества от статуса ветеранов.
Добавлено несколько новых команд: Авто-Исследование (Auto-Explore), Авто-Поселенец (Auto-Settler), и Авто-Атака (Auto-Attack)